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文献解读

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技术问答

代谢组学数据处理——代谢通路分析

通过上述方法筛选到差异代谢物后,还需要挖掘和这些代谢物相关的代谢通路。此时,可以采用MetaboAnalyst网站(http://www.metaboanalyst.ca/)进行代谢通路分析(Metabolic pathway analysis),代谢通路分析分为富集分析(Enrichment analysis)和通路分析(pathway analysis)。通路分析中添加了通路拓扑分析(topology analysis),会输出通路在整体网络中的重要性(impact)。下图展示了典型的代谢通路分析图。​

代谢通路分析展示图(来源:MetaboAnalyst网站)​​

代谢组学数据处理——差异代谢物筛选

筛选差异代谢产物通常基于OPLS-DA模型,因为它更易于进行模型解释,所有跟分组相关的信息都集中于第一维。筛选的标准通常是基于以下两个指标:

  • Corr.Coeffs./p(corr) (Correlation Coefficient),是样本得分值t和变量X间的相关系数-Corr(t, X),代表了变量的可靠度。该值没有固定阈值,通常设定对应的P值 < 0.05。
  • VIP (Variable importance in the projection),为变量对模型的重要性,描述了每一个变量对模型的总体贡献,通常设定阈值为VIP >1。

除此之外,基于单维检验的P值和变化倍数(Fold change)所作的火山图(Volcano plot)也是常用的筛选方法。