法院可以拍卖有抵押的房屋，也可以拍卖唯一住房。所以被执行人的房屋在分期还款，并不影响法院的强制执行，但在拍卖过程中要考虑很多因素，同时还要扣除在先的抵押权对价。
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强制执行抵押房屋要优先保障银行的抵押权
因为被执行人的房屋是向银行贷款购买的，这类房屋有个特点，就是银行在房屋上设定有抵押权。所以法院在拍卖过程中要优先保障银行抵押权的实现。
因为银行的抵押权不仅登记了，而且这个权利发生在你的纠纷之前，必须优先保障银行的权利。不能说房屋拍卖多少，你就该拿你应拿份额，其实你能拿的只是别人拿剩下的部分。
而一般这类房屋在拍卖过程中，银行也会提起案外人执行异议，所以一定要沟通好，了解清楚情况再申请强制执行。
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拍卖抵押房屋后的分配顺序
将正在抵押的房屋进去公开拍卖后所得的钱，要按照一定的顺序来分配。首先要扣除拍卖和执行费用，然后就是银行的贷款，剩下的才可以就申请执行人的申请份额进行分配。
如果被执行人是唯一住房的话，还要考虑房屋拍卖后被执行人的生存问题，通常要遗留五年左右的房屋租金费用，最后才可以用来清偿债务。
所以，在申请拍卖之前，一定要了解清楚房屋价值多少钱，扣除上述情况的费用后会余下多少钱，不要到时出力不讨好，为他人做嫁衣，自己一分钱都拿不到，那样就很痛苦了。
结语
房屋应该是许多人最重要的财产了，我们在考虑申请强制执行时也要首先考虑房屋的情况，因为不动产转移起来更容易查到，想出售也不是一两的事情，但具体到拍卖房屋还有许多的程序，但不管如何，想办法先将其查封，才是最正确的选择。