首先我们需要知道:就现有检测手段来说,检测的是样品中病毒核酸片段,而非完整的病毒核酸,更不是活病毒。新冠患者治愈后,活病毒被免疫系统清除,但是体内可能仍然存在病毒核酸碎片,因此核酸检测结果仍可能呈阳性。此时的阳性结果,不代表患者体内一定存在完整的病毒核酸或者活病毒!
目前核酸检测主要的操作是,采取咽拭子或鼻拭子,取样后,做病毒核酸的实验室检测:提取标本中的 RNA,并逆转成 cDNA,用病毒 cDNA 的特异性引物进行 PCR 扩增。如扩增的产物,出现病毒特异性的 DNA,则病毒核酸检测结果为阳性。
新型冠状病毒 (SARS-CoV-2) 是一种 RNA 病毒,新冠病毒患者样本含病毒的遗传物质 RNA,核酸检测大概率呈阳性。(核酸结果阴性也不能排除病毒感染,要结合症状、血常规及肺部 CT 等检查,逐一分析,综合判断。)
基于 RT-PCR 进行的核酸检测[1]
RT-PCR 可以定性,但不能定量。所以这里我们需要介绍一下它的升级版——实时荧光定量 PCR (Real-time RT-PCR),就是结合了荧光定量技术的反转录 PCR:先从 RNA 反转录得到 cDNA,然后再用 Real-time PCR 进行定量分析。在反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时监测整个 PCR 进程。最后通过标准曲线对未知模板进行总量分析或通过 Ct 值对模板进行相对定量分析。
◐ 实验设计:
分别以 SYBR Green qPCR Master Mix、Primer 和 ddH2O 点样跑电泳。
◐ 问题:
为什么单独用 Mix 跑核酸电泳会有一个小条带?
◐ 萌 Cece 解答:
此款 qPCR Mix 所用的酶为配体法修饰的热启动 DNA 聚合酶,该配体为核酸。因此直接用酶跑电泳时,会存在一个小条带。
做 PCR 时出现假阴性是什么原因呢,又该怎么应对?别担心,萌 Cece 有妙招!
萌 Cece 分析解答:模板可能包含杂蛋白。建议配制稳定有效的消化处理液。同时,模板的溶解液固定不变 (比如:Tris-HCl 缓冲液)。
■ 问题 2:引物问题
萌 Cece 分析解答:引物可能质量不太好,或者浓度设计不合适,及引物设计不合理,如长度不够,引物本身或两条引物之间形成二聚体等。建议更换引物。引物应高浓度小量分装保存,以防止反复冻融或长期冷冻保存,导致引物的变质降解失效。
■ 问题 3:Mg2+ 浓度
萌 Cece 分析解答:Mg2+ 浓度对 PCR 扩增效果影响极大,浓度过高可降低 PCR 扩增的特异性,过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败,出现假阴性。建议设置一组反应,每一反应中的其他离子浓度相同 (如 Tris、KCl 等),而 MgCl2 浓度不同,来摸索最佳浓度。
■ 问题 4:设计因素
萌 Cece 分析解答:变性温度低,时间短;退火温度过高,影响引物与模板的结合而降低扩增效率;延伸时间过短。建议提高变性温度,延长变性时间,尤其首次循环。退火温度应根据 Tm 值来设定。延伸时间必要时适当延长。
除此之外,就是最讨厌的“出现非特异性扩增带”
说这么多就不得不提一下我们 MCE 众多的 Pre-Mix 即用型预混液,操作 so easy!
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参考文献
1. Nidhi Verma, et al. Emerging diagnostic tools for detection of COVID-19 and perspective. Biomed Microdevices. 2020 Nov 24;22(4):83.
2. Wenling Wang, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA. 2020 May 12; 323(18): 1843-1844.
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