前期：提取的作案人精液未与呼格吉勒图进行比对

1996年“四・九”女尸案案发后，呼市公安局新城分局刑侦人员就已经在女尸的阴道内提取了分泌物(作案人的精液)，按照最基本的刑侦破案规则要求，这种分泌物是应该、也是必须进行技术化验和分析的。遗憾的是，这个最有力的证据被时任办案领导“遗忘”了。

后期：赵志红未能与当时所提取的精液进行比对

当2005年赵志红供述了自己是“四九”案真凶后，原本保留在公安局的凶手精斑样本又莫名丢失。

老警察解释未能比对精液原因

这中间固然有办案人员的素质问题，即当时的要求是从严从快，具体办案人员认为其他证据足以支撑结论，所以精斑鉴定做不做无所谓了，因而存在“失误”。另一个原因还是跟当时的环境有关。 “当时呼市没有条件做，要做鉴定的话，只能去北京、上海，经费不足不说，一次鉴定还要耗费几个月时间，这与当时快速结案的要求是不符的。”

警方称呼格供认不讳

呼格吉勒图被抓后，当地媒体以公安机关为单一消息来源的报道中均称，呼格吉勒图其对案件“供认不讳”。

被枪决前一个月仍称自己无辜

2009年5月27日，记者从内蒙古司法机关一位重要领导处得到一份制作于1996年5月7日晚上9时20分、询问人为呼市检察院检察官刘某和彭某、被询问人是同年6月10日下午2时被执行枪决的呼格吉勒图的笔录，该笔录显示，即使在被枪决前一个月，呼格吉勒图也坚持自己是无辜的。

在这份共计7页、1500字的笔录中，呼格数次表示：“今天我说的全是实话，最开始在公安局讲的也是实话……后来，公安局的人非要让我按照他们的话说，还不让我解手……他们说只要我说了是我杀了人，就可以让我去尿尿……他们还说那个女子其实没有死，说了就可以把我立刻放回家……”

在叙述“当晚自己的犯罪事实”时，呼格吉勒图做了如下陈述：“我当晚叫上闫峰到厕所看，是为了看看那个女子是不是已经死了……后来我知道，她其实已经死了，就赶快跑开了……她身上穿的秋衣等特征都是我没有办法之后……猜的、估计的……我没有掐过那个女人……”