实验室在坚持“两个委员会”领导的前提下，实行室主任领导下的研究团组负责制，即“学术委员会”负责研究审定重大学术事宜，“室务委员会”负责研究决定组织结构、学科建设、科研发展规划、支撑体系建设及重大改革方案、财务预决算等重大事项；日常运行管理由实验室专职副主任负责，办公室组织实施，并围绕日常行政事务、科研管理、人员管理、开放合作等方面建立内部规章制度，确保实验室日常运行管理实现民主决策、科学管理、规范有序、运转协调。