湛山寺建有大雄寶殿(於2000年至2002年間重建)，中間供奉緬甸大玉佛，內部還供奉藥師佛，阿彌陀佛，文殊菩薩，普賢菩薩，觀音菩薩，地藏菩薩，韋陀菩薩，十八羅漢，濟公等。殿堂位處半山白雲之間，採用宮殿式建築，雄偉莊嚴，巍峨壯觀，全天開放給各界人士參禮膜拜。此地段尚供奉千佛寶塔及望海青銅大觀音菩薩，聖像莊嚴。令到無數善男信女修法種善，得以解脫人生的憂郁煩惱，充實心靈，增長樂觀上進的動力，而至歡喜融和。

寶燈大和尚舍利塔院

湛山寺另建有如來殿，觀音殿，祖師堂，佛亭，佛教天台宗第四十四代祖師── 倓虛大師舍利寶塔，開山祖師寶燈大和尚舍利塔院，居士清修院(收容社會上無依無靠之孤身老人來此居住生活，安享晚年)，寺務處，五觀堂。香積廚等設施，並供奉 青銅藥師大佛、斯里蘭卡政府贈送的佛祖釋迦牟尼之靈骨舍利及菩提聖樹，以及上倓下虛大師和本寺開山和尚上寶下燈大師五彩舍利數千粒，顆顆晶瑩剔透，五彩斑斕。

湛山寺慈德安老院

湛山寺前任住持上寶下燈大師因感於香港人口老化，許多老人晚景淒涼，因此，於一九七一年，在邵逸夫，陳廷驊，王時新，安子介，李震之等善長仁翁及廣大信眾捐助護持下，蒙政府核准創建了湛山寺慈德安老院，獲社會福利署支持，注冊為非牟利老人院，聘用專業人士照顧老人的起居飲食，此安老院位於大雄寶殿左側，環境幽雅，空氣清新，老人家於此聽經休養，幸福快樂，安度晚歲美好光陰。

湛山寺於七十年代初曾在元朗興辦義學“普賢書院”，十多年後，因大部份學子能獲政府資助昇讀公立學校讀書， 遂圓滿完成慈悲育人的歷史任務。

湛山寺曾於屯門創辦普賢幼稚園，收授學童109位，聘請專業教師講課，裨益學童在德、智、體等方面發展，起到人生童蒙養正的作用，方便市民下一代受到良好的基礎教育，在教育處注冊，為政府津貼非牟利性質。

湛山寺於一九九八年於彌敦道242號-252號立信大廈6字樓A座創辦湛山精舍，開放給廣大市民禮佛參拜聽經修行之用，方便信眾定期親近三寶，深入經藏，智慧如海。種下無量成佛之善根，共趣菩提。

湛山寺於二零零八年八月八日, 創辦湛山寺寶德護理安老院, 亦為非牟利安老院。秉持着佛教慈悲喜捨的精神, 為長者提供一個温馨的家。院舍備有完善的膳食及護理服務, 使長者們能在設備完善的院舍及充滿愛心的環境內得到全面的起居照顧及專業的護理服務, 安享晚年。

湛山寺同人完全秉承佛祖慈悲濟世，度人利民的宗旨，行菩薩道，在宗教、文化、教育、福利、慈善、公益等方面竭盡所能回饋社會，普利市民鄉民，贏得教內外人士一致 的贊同，聲譽卓著。敝寺前任住持寶燈大師歷任香港佛教僧伽聯合會會長，香港佛教聯合會顧問，香港能仁書院及研究所校監，佛教釋慧文中學(位於屯門)校監，佛教釋慧遠中學(位於大埔)校監，佛教英文中學校監(位於荃灣)，中華佛教圖書館董事長，湛山寺慈德安老院院長等公職， 寶公苦修實行，慈悲待人，熱心公益，深受信眾愛戴擁護，門下信徒約數萬人，本寺亦為香港著名佛教道場之一，此皆是三十多年來政府慈悲支持，社會各界善長及信徒熱心護法的成果。

湛山寺今後也必定謹遵佛陀遺教，承繼先住持上寶下燈大師慈悲度人之宗旨，宏揚佛法，廣利人天。