中科院软件研究所南京软件技术研究院成立于2019年8月，是中科院软件所在南京的分支机构，南京市新型研发机构、江苏省新型研发机构，主要面向计算机科学和软件领域开展基础研究、应用基础研究、应用示范及产业化。

研究院以基础软件、智能软件、软件工程为主要学科方向，以开源软件供应链重大基础设施为建设主线，以创新链、资本链、产业链三链融合为核心发展模式，以高端人才团队引进培育和软件创新生态建设为主要工作抓手，建设国内领跑、世界一流的软件领域科研机构。