怎样打开并查看.nii和DICOM格式的医学图像

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本文主要介绍在医学图像处理领域,常见的两种医学图像格式 .nii 和 DICOM 文件怎么查看。

一、.nii 文件的查看

主要介绍两种方式,一种是直接用软件打开,另一种是用python代码打开并查看,前者可以从各个视角进行查看,后者的灵活性更好。

1. ITK-SNAP 软件

ITK-SNAP 软件的下载地址为: 下载地址

ITK-SNAP

安装之后在打开 .nii 格式的文件时直接选择该软件即可,如上图所示,该软件可以显示在 x、y、z 三个轴方向上的视角,并且可以进行调整。如果不仅想要展示医学图像本身,还要展示对应的分割结果,则可以把分割结果的 .nii 文件直接拖入软件窗口中,并选择以分割的形式载入即可。但是据我目前的使用来说,好像不能同时载入多个分割结果(比如一个器官本身的分割,一个肿瘤部位的分割)。

2. Python 代码查看 .nii 文件

相关的代码见我的 github: 地址

MeDIT

我给出了两个代码,一个是可以同时显示器官、器官分割结果、肿瘤分割结果的,另一个是只显示器官的。当然,大家可以在第一个的基础上做改动。与 ITK-SNAP 不同,在显示的时候只显示分割结果的边界,这样更有利于观察分割的是否合理。并且还可以通过调节上图中右边红框中的滑块来调节图像灰度值的范围,通过调节上图中下方红框中滑块来查看不同横截面的图像。

二、DICOM 文件的查看

查看 DICOM 格式图像的最简便的方式是使用软件,这里给大家推荐两个软件:MicroDicom 和 RadiAnt Viewer,前者是完全免费的,后者只能试用,后者的功能更强大,可以实现三维重建等。

1. MicroDicom 软件

MicroDicom 软件的下载地址: 下载地址
MicroDicom

一般同一个病人的一套 DICOM 图像存储在同一个文件夹中,直接在该文件夹上右键选择用 MicroDicom 打开即可,当然也可以查看某一张图像。

2. RadiAnt Viewer

RadiAnt Viewer 的下载地址: 下载地址

由于我的 RadiAnt Viewer 到期了……所以就不做演示了。

mricro 用于浏览医学影像(.nii,.hdr,.img,.dcm格式)的工具
03-17
解压后点击安装即可使用,找到mricro.exe并打开即可
python 读取.nii格式图像实例
01-21
我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~ # encoding=utf8 ''' 查看和显示nii文件 ''' import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D example_filename = '../ADNI_nii/ADNI_002_S_0413_MR_MPR____N3__Scaled_2_Br_
医学影像数据处理】nii 数据格式文件操作汇总
最新发布
钱多多先森
04-04 1230
nii文件格式,在对医疗数据处理的过程中,无处不在,是一个最最经常会遇到的。了解和操作nii文件,对其中可能遇到的问题有一些基础的了解,至关重要。但是,现在我更喜欢nrrd文件了,不知道你是否知道nrrd文件
matlab 查看nii图像的方法
weixin_44603934的博客
01-10 794
谷歌第一个:https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image。下载后将解压后的文件夹放入MATLAB安装路径中的toolbox中。4.在workspace中可以查看nii 数据,并提取数据。2.在MATLAB中加载工具包路径;cd(‘nii所在文件夹’)a 矩阵就是你需要的数据矩阵。3.在MATLAB中读数据。5.解压nii.gz文件。选择set path。
nii格式医学图像查看
03-10
nii格式医学图像查看器. MacOS版, m1可用. 外网下载,
如何处理.nii文件
syz201558503103的博客
09-08 3281
最近读了一篇论文[1],是利用深度学习进行MRI图像重建的,作者在github[2]上提供给我们的他的实现代码,他使用的一个MRI分割比赛的数据集[3],但是将数据集下载下来发现全部都是.nii格式文件,用普通的方法也是打不开的,经过一个星期的摸索,也是大概了解了如何读取以及处理.nii文件。 1. NIFTI出现原因 .nii文件是NIFTI格式文件,出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format,但是这个图像格式缺少一些信息,比如没有方向信息,病人的左右方位等,如果需要包.
.nii格式文件解析
m0_51431440的博客
10-18 8401
.nii格式文件解析
医学影像数据处理】nii、npz、npy、dcm、mhd 的数据格式互转,及多目标分割处理汇总
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钱多多先森
04-22 2万+
医学领域进行数据处理的DICOM、.nii、.npy、.mha、.npz,jpeg、png等格式
python 笔记:打开nii格式(nibabel 库)
qq_40206371的博客
06-28 1万+
在解释NII(NIFTI,neuroimaging information technology initiative)格式之前,我们需要先知道一下Analyze格式。每一个Analyze格式的数据包含了两个文件:带有二进制图像信息的.img,包含图像元数据的头文件.hdr但是,Analyze的头文件不能很真实地反应元数据(比如没有方向信息,eg在左边还是在右边),于是NIFTI格式文件应运而生nii格式(nifti格式的扩展)是为多维神经影像学发明的。一个nii格式主要包含三部分:hdr, ext, im
医学图像那些事儿
qq_44323128的博客
10-04 1215
nii文件是常见的医学图像格式,常规的照片查看器无法打开,本人常用的软件是ITK-SNAP,这个除了可以查看文件的信息,还能画标签,比较方便。在python中有一个相关的库SimpleITK,提供了医学图像相关的很多功能,可以方便的处理和查看各种医学图像格式。本节主要介绍一些nii文件相关的属性以及其含义。这是第一次在csdn上正式写文章,初衷还是记录一下学习的知识点,希望以后可以更多地记录一些学习的过程吧!
医学影像数据处理】 Dicom 文件格式处理汇总
钱多多先森
09-21 3496
Dicom数据存储格式,是医学领域通用的数据传输形式,本文将围绕dicom医学算法展开
DICOM文件打开软件
05-25
DICOM文件打开软件,DICOM图像文件信息解析与图像显示。
python 读取NIFTI(.nii)格式图像
12-22
1.NIFTI格式图像图像来源 很有必要自己浏览这个网址,详细介绍了NIFTI的细节 有助于代码理解的点做以下总结: nifti格式存储的数据使用了一对文件**.hdr/.img** nifti格式中,前三个维度以定义三个空间维度-x,-y和-z,第四个维度定义时间点-t。其余维度(五到七)用于其他用途。比如,第五维可以存一些预定义的用途,例如存储体素特定的分布参数或保存基于矢量的数据。 2.NiBabel包 NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写 import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import n
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将磁共振医学文件格式转化为NIFTI协议中的nii格式niigz格式,用于医学影像深度学习的数据处理。
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huangdianye
07-13 5529
NII文件的存储格式网上有很多资料,在此只做一点简单的描述。nii是一种文件格式,它存储的是在空间中占有一定体积的小方块的物理位置和该位置对应的像素值。这个小方块我们也称之为体素(voxel)。存储的形式是一个三维数组(3D array),具有三个索引ijk。它存储的物理空间(3D volume)解析出来是整整齐齐的长方体。但是表示一个体积仅仅靠数组是不够的,需要打一些补丁。我们通过苏格拉底式地提问慢慢还原出nii文件的一些重要参数设置。
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DICOM文件医学影像中常用的文件格式,目前,python是一门主流的编程语言,使用python打开DICOM文件对于后期三维重建,医学影像与人工智能相结合起着至关重要的作用。本文主要大致介绍了使用 python 打开 DICOM 文件的基本操作方法,具体的其他操作可查看pydicom的官方文档进行参考学习。
python代码如何打开.nii文件的彩色图像rgb
10-13
打开.nii文件的彩色图像,我们可以使用Python中的一些科学计算库和图像处理库。首先,我们需要使用nibabel库读取.nii文件,并将其加载到一个numpy数组中。 代码示例: ``` import nibabel as nib import numpy as np # 使用nibabel库读取.nii文件 image = nib.load('your_file.nii') # 将图像数据加载到numpy数组中 data = image.get_fdata() # 获取图像数据的维度和形状 data_shape = data.shape # 如果图像数据是三维,且具有RGB通道 if len(data_shape) == 4 and data_shape[-1] == 3: # 将数据从四维转换为三维 data = data[..., :3] # 现在,data中存储的是彩色图像的numpy数组,可以进行进一步的处理和显示 ``` 接下来,我们可以使用matplotlib库将numpy数组中的彩色图像显示出来。 代码示例: ``` import matplotlib.pyplot as plt # 显示彩色图像 plt.imshow(data) plt.show() ``` 以上是打开.nii文件的彩色图像并显示的一个简单示例。你可以根据具体的需求,进行进一步的图像处理操作,比如调整亮度、对比度、应用滤波器等。请注意,在处理大尺寸的.nii文件时,可能需要考虑内存消耗问题。

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