GWAS理论 1-5 全基因组关联分析结果解读与经典案例介绍

最新推荐文章于 2024-06-11 11:28:56 发布
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GWAS数据分析专题
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!全基因组关联分析是目前研究复杂疾病易感性的最有效手段之一，通过芯片或者高通量测序得到全基因组规模的SNP分析结果，再结合卡方，费舍尔精确检验，线性回归等统计方法...
玩转基因组浏览器之查看gwas结果
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欢迎关注”生信修炼手册”!IGV支持动态查看gwas分析结果，对于gwas结果而言，要求至少要包含以下几列CHRBPSNPP对列的顺序没有要求，IGV通过文件名后缀来识别文件格式，gwa...
R语言-GWAS全基因组关联分析结果整理算法-方法笔记
01-16
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【文献阅读笔记】（1）：一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读
Yujia's Blog
04-20 9105
A tutorial on conducting genome‐wide association studies : Quality control and statistical analysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2. PLINK的基础使用命令3. 遗传数据的质控3.1 使用HapMap数据进行数据模拟3.2 数据质量控制步骤概览4. 群体结构分层5. 关联分析5....
NG: GWAS揭示癫痫关联的26个风险位点及亚型遗传结构
悟道西方
09-05 79
一项由多个国际研究团队进行的基因组关联研究（GWAS）的荟萃分析确定了与癫痫相关的26个风险位点和亚型特异性遗传结构。为了揭示与该疾病相关的变异，来自国际癫痫联盟协会（成立于1909年）的研究人员对复杂癫痫进行了荟萃分析，包括来自三级医疗中心招募的29944名患者和52538名对照者。研究发现，常见和罕见的遗传变异都会导致轻度和常见的局灶性癫痫（FE）和全身性癫痫，尤其是对于主要由遗传性广泛性癫痫...
GWAS结果整理丨利用R语言tidyverse自动统计显著位点
青笋的博客
04-24 671
文件，该文件中展示了得到的显著位点详细信息，比如染色体、物理位置、p值等，接下来介绍一种算法，对其进行整理计算为绘图所需格式。至此，这个方法的原理已分享完毕，如果您在使用过程中有问题或者建议均可提交issues到Github，欢迎转发支持~是脚本的参数设置，如果单个任务可以直接读入文件，不用脚本传参，只需要设置好文件名进行读取。信息计算最大值和最小值，分别向上下游扩展500bp就能得到想要的区间，将其保存为。绘图需要三列信息，分别是染色体、物理位置、p值，因此将这部分数据单独存放到。，然后保存为新文件。
全基因组关联分析GWAS结果批量整理方法
青笋的博客
08-24 994
大致思路是先读取当前目录下的文件列表，然后依次循环执行计算过程，识别表型、模型、P值等参数，然后传递给筛选函数，并对符合条件的值进行标注，最后会将结果写出为一个csv文件，用于下一步的计算。主要是对位点数据进行迭代和处理，根据位点位置以及预设的窗口大小，识别和处理相邻的位点之间的关系，最终将处理后的信息存储在不同变量中。主要的思路是对每一个位点，计算其前后相邻位点的距离，针对开头和结尾进行特殊考虑，中间的位点识别其是否相邻距离小于阈值。检查atom中的部分数量是否为5，如果是，进入下一步。
二代测序群体进化-GWAS分析及案例解析
点滴生信的博客
03-07 9968
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理 PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据降维算法。PCA的主要思想是将n维特征映射到k维上，这k维是全新的正交特征也被称为主成分，是在原有n维特征的基础上重新构造出来的k维特征。PCA的工作就是从原始的空间中顺序地找一组相互正交的坐标轴，新的坐标轴的选择与数据本身是密...
第二篇：Haploview做单倍型教程2--分析教程
邓飞----育种数据分析之放飞自我
01-26 3841
大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。今天是第二篇。
GWAS_tutorial 学习笔记
weixin_44203980的博客
06-22 866
主要是根据https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial跑了一遍GWAS的基本流程，以及附有一些个人理解
用于 GWAS 结果可视化的曼哈顿图：用于在 MATLAB 中直接从来自 PLINK、BOLT-LMM 或 SAIGE 的 GWAS 统计数据的文本文件绘制曼哈顿图的函数-matlab开发
05-29
此函数采用 PLINK 1.7 assoc 命令、BOLT-LMM 或 SAIGE 关联测试的输出，生成可用于发布的曼哈顿图，并将结果保存为 .fig 以供手动调整和高分辨率 .png。 该功能已在 PLINK 中使用 .assoc、.assoc.fisher 和 .assoc.logistic 文件扩展名进行了测试。 由于此函数从输出文件中读取标题行，因此必须包含它。 对于输出文件大小可以达到几 GB 的估算数据上的非常大的 GWAS，我建议在将文件传递到 ManhattanPlot 之前删除 p>0.1 或 0.01 的 SNP。 此函数对于使用来自 MATLAB 背景的 GWAS 数据的生物信息学家很有用。 参数 'sex' 可以设置为 0 或 1 以指定是否应绘制性染色体，'sig' 指定水平线的全基因组显着性阈值。 使用带有选项 PLINK、BOLT-LMM 和 SAIGE
MetaPhat -meta-pheno-association-tracker:多元性状全基因组关联分析与分解-开源
05-31
MetaPhat是一个开源程序，可从GWAS摘要结果的相关集合中检测潜在的多变量SNP关联上的最佳子集特征。 最佳性状是基于多元 CCA 模型的最优 ... (2020) MetaPhat：从单变量全基因组关联统计中检测和分解多变量关联。 正面
MOSGWA:全基因组关联研究/贝叶斯类型信息标准-开源
04-29
MOSGWA是用于全基因组关联研究（GWAS）的工具。 目前，它使用逻辑回归和线性回归来实现搜索策略。
RBD_GWAS:全基因组快速眼动睡眠行为障碍的关联研究和下游分析
03-22
RBD_GWAS 全基因组快速眼动睡眠行为障碍的关联研究和下游分析
GenAMap:基因组-表型关联的视觉机器学习
05-30
基因组数据的激增增加了复杂机器学习算法对下一代全基因组关联研究 (GWAS) 的有用性。 这些方法有效地将遗传多态性与表型联系起来，但它们需要算法专业知识来运行代码和领域专业知识来分析结果。 为了克服这些挑战...
关联分析matlab代码-fractalgenetics:心肌小梁的基因组结构和功能作用分析
05-26
关联分析matlab代码 心脏分形结构的遗传和功能洞察力 成年人类心脏的心内膜表面由肌肉小梁的复杂网络组成。 被认为是胚胎发育的残余物，为何这些复杂的结构仍在成年器官中持续存在仍然是未知的。 在这里，我们使用...
小白轻松入门GWAS：从数据准备到可视化结果
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06-11 750
P值（p-value）是一个重要的统计指标，用于评估某个基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNP）与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中，横轴表示基因组的染色体位置，按照染色体的顺序排列，每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组的特定位置上，单个核苷酸（A、T、C或G）发生变异，导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的，表现为离散的、可区分的类别，例如豌豆的花色或人类的血型。
【生信】全基因组关联分析（GWAS）原理
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【生信】全基因组关联分析（GWAS） 1.前提知识介绍 1.1 最小二乘法 1.2 GWAS的数学原理 1.3 Hardy-Weinberg定律&卡方检验 1.4 连锁不平衡 1.5 曼哈顿图 1.6 箱式图Box-plot 1.7 QQ plot 2、GWAS的定义 2.1 几个需要知道的概念： 2.2全基因组关联分析 3、GWAS——数据预处理 3.1质控的原因： 3.2基因型数据的质控： 3.4表型数据质控： 3.5正负链翻转 3.6 基因型填补 3.7群体分层校
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04-23 3371
浅谈GWAS分析后的富集分析操作（GO/KEGG） 作者：刘济铭 ######################## 在我们完成全基因组关联分析后，常常筛选得到特定性状的基因集，接下来，通常我们需要开展富集分析，筛选显著的基因功能富集和Pathway，这就要用到GO富集和KEGG富集。 理论和结果解释同样在知乎和各平台有很多讲解，因此，我还是重点提供一个富集分析的R脚本，供大家交流学习。 ###GO富集分析R脚本 #加载OrgDB包，OrgDB目前只有少数模式物种有公共数据库，通常大家研究的物种均已经建立了
gwas snp 和_全基因组关联分析(GWAS)神器——PLINK
05-24
GWAS (全基因组关联分析)是一种用于研究基因与疾病之间关系的方法，它通过比较大量的基因型数据和疾病状态数据，来寻找与疾病相关的基因变异。而 SNP (单核苷酸多态性) 是一种常见的基因变异形式，因此 GWAS 研究常常涉及 SNP 分析。 PLINK 是一个常用的 GWAS 分析工具，它可以进行多种统计分析，如 GWAS、联合分析、遗传连锁不平衡 (LD) 分析等。PLINK 支持多种数据格式，包括 PED/MAP、TPED/TFAM、BED/BIM/FAM 等。在 GWAS 过程中，PLINK 可以进行质控、单个 SNP 的关联分析、基因型-表型关联分析等。 总之，PLINK 是一个非常强大的工具，可以帮助研究人员进行高效、准确的 GWAS 分析。

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