snapgene怎么比对序列_2020年-基因家族分析文章怎么发！

最近，小编看到这样一种说法“基因家族分析类文章已经过时了，很难再发SCI了”。这是真的么？答案当然是否定的！闲暇之余，小编搜索统计了2020年截至到今天的基因家族分析文章的数量。小编使用PubMed进行文章检索，关键词是“genome wide”和“gene family”，搜索到了154篇基因家族分析类文章。当然，小编做的统计也不完全，但无论完全与否，两个月的时间150多篇文章，这个数量已经非常可观了。这也强有力的说明了“基因家族分析类文章依然坚挺好发”。

小编也特意挑选了一篇本月刚发表在Genomics（IF：3.16）上的TLP基因家族文章来做一个简单的解读。解读的目的是告诉大家：基因家族的套路分析+简单的实验验证（荧光定量PCR）=3分左右的SCI文章。

文章主要有哪些分析内容呢？

TLP家族基因鉴定及序列比对

文章作者一共在甜瓜中鉴定了28个TLP家族基因，并统计了相应蛋白的等电点、分子量等信息。同时做了家族基因的多序列比对。

构建物种间系统进化树

作者使用水稻、拟南芥以及甜瓜的TLP家族基因构建系统进化树，并根据进化关系分了10个亚群。

进化树、基因结构及motif分析

文章作者针对甜瓜中TLP家族基因进行了进化树、基因结构分析以及motif分析，并绘制了如下的图片。

TLP家族基因在染色体上的位置

作者将鉴定到的28个甜瓜TLP家族基因定位到了甜瓜基因组的各条染色体上，并绘制了位置图。

TLP家族基因共线性分析

为了分析甜瓜TLP家族基因的串联重复及加倍复制事件，文章作者对甜瓜TLP家族基因进行了共线性分析，并绘制了家族成员共线性circos。

TLP家族基因表达量热图

文章使用网上已发表文章的转录组表达量数据，绘制了TLP家族基因的表达量热图。

qRT-PCR定量分析

分析的最后，作者处理了一批甜瓜，并分不同的时间取样，针对鉴定到的28个TLP家族基因进行了定量分析。

到这里，这篇TLP基因家族文章就完成了。文章的总体还是基因家族套路性分析内容+简单的实验，并没有复杂的实验内容，这也印证了小编的解读目的。

有兴趣的老师可以下载原文咨询阅读。

参考文献：

Liu Y, Cui J, Zhou X, et al. Genome-wide identification, characterization and expression analysis of the TLP gene family in melon (Cucumis melo L.)[J]. Genomics, 2020.

基因家族学习链接：

https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&shareId=1031484705

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