ncbi查找目的基因序列_基因CDS查找与选择
后台收到留言说想研究某个基因,但对转录本选择感到困惑。本期我们就演示如何科学地解决这个问题。
第一步:Search
打开NCBI核酸数据库,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore。输入基因名称或Symbol(用人N-Cadherin演示)
第二步:筛选
选择Refseq和物种,点击后有两条转录本满足筛选条件,分别在新窗口打开 第三步: 查看Comment和CDS序列信息(以V1举例) 下图是transcript variant 1的comment部分, 该Comment表明V1是N-Cadherin的最长转录本, 多数情况下最长转录本的确是最常用的,但有例外。而且这个comment并没有组织和细胞的特异性,那么严谨来说还需要进一步确认 ,建议结合KEGG数据库进行确认。第四步:KEGG Gene信息查询
打开KEGG的基因查询页面,https://www.genome.jp/kegg/genes.html,输入基因名称或Symbol
第五步:确定基因序列和长度
在下图的返回页面,点击目的基因名称,等待页面跳转,
查看转录本CDS长度和序列信息,如下图,可以看到该长度和V1一致,到此结束。
小结可以解决你99.5%的需求。如果还有疑问,可以结合UniPro数据库(https://www.uniprot.org/)进一步确认。
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