蛋白对接_RosettaDock: 蛋白-蛋白复合物对接预测

作者: 吴炜坤

一文基本搞懂RosettaDock....

参考1: https://www. rosettacommons.org/demo s/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking
参考2: Protein–Protein Docking with Backbone Flexibility
参考3: Conformer Selection and Induced Fit in Flexible Backbone Protein–Protein Docking Using Computational and NMR Ensembles
参考4: High-resolution protein–protein docking
参考5: Benchmarking and Analysis of Protein Docking Performance in Rosetta v3.2

一、前言

蛋白-蛋白对接是一个既复杂，又重要的话题。从一开始的基于FFTs算法的刚性对接ZDOCK发展到现在整合多步骤的HADDOCK、ClusPro、SwamDock等等，该领域的算法不断地升级迭代。

RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将，久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白的局部构象的探索。包括已经发表的许多文章都是使用RosettaDock进行最后的优化，其地位可见一斑。

近年来，RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、以及多肽-蛋白对接的FlexPepDock、以及为高难度对接任务开发的Motif Score的RosettaDock4.0等等。

本文将简要的介绍常规的RosettaDock3.2蛋白-蛋白对接的基本框架和用法。

二、基本原理和算法

RosettaDock的基本算法如下:

整个对接流程分为两大部分，在第一个低分辨率阶段，蛋白质之间的侧链构象被一个粗粒化球所替代。直接搜索蛋白质之间的骨架形状相适配的程度。在第二个阶段才会考虑全部的侧链构象，计算更加精确的相互作用能量。

起始的局部干扰，将初猜构象的其中一个组分随机平移和转动8埃和8°（或8埃，3°）。

在低精度阶段，进行500次刚性体的移动，其中可以选择是否进行Ensemble的构象交换选择。输出最低的构象，进行高精度阶段

在高精度阶段，进行50次MCMPCycle:

• repack构象并能量最小化，作为初始出发构象。
• 内部循环: 运行50次MCMCycle, 每次MCMCycle包括: 刚性体移动、RotamerTrials优化每一个氨基酸为最低能量状态、并判断能量是否大于15REU，如果能量下降太小，运行一次刚性体之间的能量最小化。(每8步MCMCycle运行一次Repack(repack模式可以分为rt_min或sc_min))
• 外部循环: 重置初始状态，并运