Omics精进07|转录组之mRNA|miRNA|lncRNA|circRNA测序简介

最新推荐文章于 2022-03-17 15:27:47 发布

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分类专栏： # 生物信息文章标签：生物学生物信息学

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简单的介绍mRNA，miRNA，lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。

转录组测序简介

mRNA|miRNA|lncRNA|circRNA分析简介

mRNA组

miRNA组

lncRNA组

circRNA组

mRNA|miRNA|lncRNA|circRNA关联分析

Reference

转录组测序简介

转录组（Transcriptome）是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合，所有RNA可分为编码RNA（mRNA）和非编码RNA（miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等），下图清晰展示RNA家族分类（下图红圈标记处是本文想要重点介绍的部分）；

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Omics精进07|转录组之mRNA|miRNA|lncRNA|circRNA测序简介

简单的介绍转录组测序中的mRNA，miRNA，lncRNA及circRNA。
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Omics精进08|mRNA测序-文库构建

qq_21478261的博客

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mRNA测序-文库构建

miRNA与转录组联合分析

aganlala的博客

01-23

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miRNA与mRNA联合分析简介 MicroRNA（miRNA）是内源性的、单链的非编码调控小分子，在生物体内通过抑制基因的表达发挥作用。每个miRNA可以有多个靶标基因，同时，一个基因也可能受多个miRNA的调节。因此，这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。通过miRNA与mRNA联合分析，可以更加准确的分析其中的相互作用或者调控机制。首先通过miRNA测序可以鉴定MiRNA，并获得 miRNA 和靶基因的关系对信息。再

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mirna-mrna数据分析

07-02

mirna-mrna数据分析

和rna用什么鉴定_鉴定LncRNA-miRNA-mRNA网络研究阿尔茨海默病发病机制和治疗策略...

weixin_36315722的博客

01-12

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阿尔兹海默症(AD)是常见一种神经退行性变，可能用老年痴呆来描述这种疾病更容易被理解，AD是常见的一种老年痴呆的类型，很多名人如拳王阿里，美国总统里根等。不仅严重影响患者的生活质量，而且增加患者家属的经济负担。但其发病机制及治疗方法到目前为止尚不清楚。对其分子机制的研究有助对其发病机制的更深入了解，也有助于发现新的治疗策略。摘要翻译鉴定LncRNA-miRNA-mRNA网络研究阿尔茨海默病的发病机...

总结实验室对转录组及lncRNA数据分析的思路

wx1871428的博客

06-25

1101

继师兄详细地讲述这个思路之后，我进行一个归纳总结（师兄说，首先要建立一个思想上的流程，再来纠结软件、命令这些细节！！！！！！）首先你得了解 raw_data / 参考基因组 .fa / 注释文件 .gtf / 索引文件 indexes （通过hisat2-build ,根据基因组文件新建索引文件） raw_data 原始数据参考基因组 .fa 1——— ————— —————— ——————— ———————— ————— ————— 2————— —————— ——————— —————— —————

转录组测序技术应用及发展综述.docx

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"转录组测序技术应用及发展综述" 转录组测序技术是指利用高通量测序技术对组织或细胞中所有 RNA 反转录而成 cDNA 文库进行测序，通过统计相关读段（reads）数计算出不同 RNA 的表达量，发现新的转录本。如果有基因...

simca-omics-skin 14用于代谢组学分析的界面

09-08

要在simca14安装的基础上，安装此操作界面，直接针对代谢组学数据分析，操作简单直接

workshop_omics_integration:组学集成与系统生物学研讨会

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整合组学与系统生物学过去的版本：

omicsplayground：用于大型组学数据的可视自助服务分析平台

02-12

Omics游乐场：自由探索Omics数据Omics Playground是一个综合的自助分析平台，用于可视化，分析和浏览Big Omics数据。它使生物学家无需编码即可将多种最新分析工具应用于他们自己的数据，以探索和发现潜在的生物学。...

MOFA2：多组因子分析V2（MOFA +）

02-12

多组学因子分析v2（MOFA +） MOFA是一个因子分析模型，它提供了以无人监督的方式集成多组数据集的通用框架。请以获取安装说明，教程以及更多内容！

miRNA，lncRNA和mRNA表达谱的综合分析

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转录组测序（RNA-seq）详细建库步骤与原理

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1.实验设计考虑生物体中总RNA=（～90%）rRNA+ （1～2%）mRNA+（8～9%）其他RNA 对于真核生物，可通过 oligo dT磁珠富集mRNA来进行建库而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组，可以通过去除rRNA的方法进行建库建库另一个要考虑的方面：链特异性与非特异性（stranded or un-stranded）建库过程本文以Illumina的NEBNe...

RNA-seq与miRNA-seq联合分析

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对于RNA-seq和miRNA-seq数据，使用DESeq2的负二项分布模型，筛选差异表达基因和miRNA，由于数据来源样本一致，进而使用MAGIA在线平台进行联合分析。

CircRNA–miRNA–mRNA调控网络分析

aganlala的博客

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简介环状RNA(circRNA)是一种存在于真核细胞内，具有稳定环状结构的RNA分子。它主要通过充当miRNA的分子海绵对miRNA进行吸附，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达，进而在转录水平上对靶基因的表达进行调控。miRNA与疾病的发生密切相关，因此，circRNA在疾病的发生过程中也发挥重要作用。此外，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前、后及翻译水平严格调控细胞生殖生长等过程。环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对

Omics精进09|mRNA生信分析常规流程

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mRNA生信分析详解

如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？

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lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。那么问题来了，大部分网站通常都是输入一个lncRNA，预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA，如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。我向大家推荐一个网站：mircode。

生信小白学习日记Day2——NGS基础 illumina高通量测序原理

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2019年5月26日，周日，小雨说明：阅读生信宝典和查阅文章的总结，原文请关注公众号生信宝典，参考的博文都附有链接，仅供参考。生信宝典 NGS基础——高通量测序原理本文介绍了测序文库构建原理、链特异性文库构建方式和识别方法、测序簇生成过程、双端测序过程、测序接头产生、PCR duplicate、测序通量选择标准等。原文都是一张张PPT，截图下来之后，附一些自己理解的注释吧以目前最常用的il...

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欢迎关注”生信修炼手册”!miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域...

组学预测法是通过分析药物和靶标的基因表达谱，预测它们之间的相互作用有什么文献吗