怎么在ensemble上下载某一基因带突变位点的序列

最新推荐文章于 2024-01-09 12:08:52 发布

半桶水的小老虎

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1.打开ensemble数据库

2. 选择查询的物种、基因名字、或位置后点击GO

3.找到也定品种（此处以参考基因组示例）

4.点击<sequence>

5.下载序列

6.下划选择RTF格式，展示变异打对钩

7.点击下载

8.RTF格式文件用word打开

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whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记5 全基因组测序数据的变异位点

cs_mary的博客

03-02

1万+

变异为什么是相对的？有的变异现象是由于生殖细胞内的遗传物质的改变引起的，因而能够遗传给后代，属于可遗传的变异。可遗传的变异有三种来源：基因突变，基因重组，染色体变异。由于DNA分子中发生碱基对增添、缺失或改变，而引起的基因结构的改变，就叫做基因突变，特点是普遍，随机，频率低，多有害，不定向基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因的重新组合。基因的自由组合定律告诉我们，在生物体

论文解读：4mCBERT:基于集成学习策略，通过序列和化学衍生信息识别DNA n4 -甲基胞嘧啶位点的计算工具

qq_41909775的博客

04-05

1096

首先构建了PCP特征和化学BERT特征，并将其应用于4mC位点预测，对识别4mC有积极贡献。对于MCC，4mCBERT在六个独立的基准数据集上显著优于其他最先进的模型，包括A.taliana, C.elegans, D.melanogaster, E.coli, G.Pickering和G.subterraneous。

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从Ensembl下载基因组

Vicbear的博客

10-17

2558

植物参考基因组：http://plants.ensembl.org/index.html。动物参考基因组：http://asia.ensembl.org/index.html。其他真菌细菌等参考基因组：http://ensemblgenomes.org/下载cds需要先选择parent directory（返回上一级）基因注释文件gff和gtf文件需要在上界面点。下滑菜单common name发现大黄鱼。选择gff3 gtf下载所需基因注释文件。选择进入cds、pep文件下载。

解析 Ensembl 的数据库服务器

Baimoc

09-15

7472

Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html 上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存放在数据库服务器中。理解 Ensemble 的数据库存储结构与架构，对于我们的今后的生信研究工作大有裨益。接下来，我们进入 Ensemble 的数据仓库世界，去看看它的货物有

ensemble数据库学习

03-26

基于cache数据库的开发平台ensemble数据库 专业于医疗软件开发学习资料

ncbi和ensembl上的序列下载

Vic_Hall的博客

03-02

4227

根据已有的基因ID，需要从ncbi和ensembl上下载对应序列。使用语言：python3 从ncbi上下载序列的话，python有一个对应的包，好像是ncbi官方支持的，就叫biopython，省去了去ncbi里找API。但是ensembl似乎没有支持的包，所以只能通过官方的API接口，叫rest，里面提供了各式各样的接口服务。 ...

Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）

wangprince2017

11-20

1万+

Ensembl数据库下载参考基因组下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页拟南芥，水稻，玉米等如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面；可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D

查找、下载基因序列的方法

weixin_30919919的博客

07-31

934

【转载】---怎样使用NCBI搜索并下载基因序列_360新知 http://xinzhi.wenda.so.com/a/1518022210610085 用于下载基因序列到本地转载于:https://www.cnblogs.com/ppjs/p/9394102.html...

R语言批量爬取ensembl基因序列

Lindah101的博客

12-01

757

R语言批量爬取ensembl基因序列

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

weixin_34365635的博客

04-06

2714

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注...

特征选择与基因组数据中的应用

# 1. 简介 ## 1.1 什么是特征选择？特征选择是机器学习和数据挖掘领域中的一个重要概念，它指的是从原始数据中选取出最具有代表性和...基因组数据是指人类或其他生物体的基因组序列信息。基因组数据记录了生物体遗

蛋白质功能预测

lin的博客

09-30

2万+

蛋白质功能预测：　相关概念： 1．重叠群（contig）：基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区，从而连接成长片段，称重叠连续群，简称重叠群。 2．序列模体（motif）：通常指蛋白序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基，与蛋白质分子及家族的功能有关。 3． Smith-Waterman算法： 1981年，Smith 和Waterman提出的一种用来寻找并比较这些具有局部相似区域...

North American Multi-Model Ensemble (NMME)保姆级数据下载与简单介绍

记录基于python语言处理气象问题的一些代码，包括不限于气象数据读取、机器学习和深度学习建模。

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887

North American Multi-Model Ensemble (NMME) 多模式集成系统预报数据，可用于季内-年际(ISI)预报，手把手教你如何下载和使用。

利用BioEdit软件进行短序列序列比对之查看突变位点

weixin_44879403的博客

01-06

1万+

该教程主要适用于基因突变后查看突变位点下载安装包：http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/page2.html，这个站点直接点击Download BioEdit.zip (Full install: ca. 11.9 Mb)下载即可已知得出：敲除基因的Sanger sequencing 结果 1、直接打开xx.ab1 文件直接跳出如下界面（软件已安装的条件下） 2、导入参考序列点击sequence，选new sequnce 3、出现如下界面，在红色框框中输入备注，并选

基因组文件及gtf文件的下载及从GTF中提取注释信息

怎么在ensemble上下载某一基因带突变位点的序列

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